Index

A

add() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method) addsyms() (sasmol.utilities.Element method) (sasmol.utilities.ElementSequence method) align() (sasmol.operate.Move method) align_pmi_on_axis() (sasmol.operate.Move method) align_pmi_on_cardinal_axes() (sasmol.operate.Move method) altloc() (sasmol.system.Atom method)

amino_acid_sld() (sasmol.properties.Atomic method) amu() (sasmol.properties.Atomic method) append() (sasmol.utilities.ElementSequence method) apply_biomt() (sasmol.subset.Mask method) Atom (class in sasmol.system) atom() (sasmol.system.Atom method) atom_charge() (sasmol.system.Atom method) atom_vdw() (sasmol.system.Atom method) Atomic (class in sasmol.properties)

B

beta() (sasmol.system.Atom method) betas() (sasmol.system.Molecule method)

betas_mask() (sasmol.system.Molecule method) build_dict() (in module sasmol.utilities)

C

calc_minmax_all_steps() (sasmol.calculate.Calculate method) Calculate (class in sasmol.calculate) calculate_angle() (in module sasmol.linear_algebra) calculate_center_of_mass() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_mass() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_minimum_and_maximum() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_minimum_and_maximum_all_steps() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_molecular_formula() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_principal_moments_of_inertia() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_radius_of_gyration() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_residue_charge() (sasmol.calculate.Calculate method) calculate_root_mean_square_deviation() (sasmol.calculate.Calculate method) center() (sasmol.operate.Move method) center_of_mass() (sasmol.system.Molecule method) chain() (sasmol.system.Atom method) chains() (sasmol.system.Molecule method) chains_mask() (sasmol.system.Molecule method) charge() (sasmol.system.Atom method) charmm_names() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method) charmm_type() (sasmol.system.Molecule method) CharmmTopology (class in sasmol.charmm_topology) check_charmm_atomic_order_reorganize() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method)

check_error() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) check_for_all_zero_columns() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) check_integrity() (in module sasmol.utilities) (sasmol.system.Atom method) close_dcd_read() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) close_dcd_write() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) cmp() (in module sasmol.linear_algebra) compare_list_ignore_order() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method) conect() (sasmol.system.Molecule method) coor() (sasmol.system.Atom method) copy_apply_biomt() (sasmol.subset.Mask method) copy_molecule_using_mask() (sasmol.subset.Mask method) Copy_Using_Mask (class in sasmol.utilities) create_conect_pdb_lines() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) create_fasta() (sasmol.topology.Topology method) cross_product() (in module sasmol.linear_algebra)

D

DCD (class in sasmol.dcd_io) dihedral_angle() (in module sasmol.linear_algebra) displaysyms() (sasmol.utilities.ElementSequence method) divide_molecule() (sasmol.multiprocessing_sasmol.Multiprocessing_SasMol method)

dna_scattering_lengths() (sasmol.properties.Atomic method) dna_sl() (sasmol.properties.Atomic method) duplicate_molecule() (in module sasmol.utilities) (sasmol.subset.Mask method)

E

Element (class in sasmol.utilities) element() (sasmol.system.Atom method) element_filter() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) element_scattering_lengths() (sasmol.properties.Atomic method)

element_sl() (sasmol.properties.Atomic method) elements() (sasmol.system.Molecule method) elements_mask() (sasmol.system.Molecule method) ElementSequence (class in sasmol.utilities) error() (sasmol.utilities.Tokenizer method) example_worker() (sasmol.multiprocessing_sasmol.Multiprocessing_SasMol method)

F

fasta() (sasmol.system.Molecule method) filename() (sasmol.system.Atom method) Files (class in sasmol.file_io)

find_u() (in module sasmol.linear_algebra) find_unique() (in module sasmol.utilities) formula() (sasmol.system.Atom method) from_sasmol() (sasmol.utilities.Copy_Using_Mask class method)

G

get_chemical_formula() (in module sasmol.utilities) get_coor_using_mask() (sasmol.subset.Mask method) get_dihedral_subset_mask() (sasmol.subset.Mask method) get_element() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) get_frame_lists() (sasmol.multiprocessing_sasmol.Multiprocessing_SasMol method)

get_indices_from_mask() (sasmol.subset.Mask method) get_resnames() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) get_subset_mask() (sasmol.subset.Mask method) gettoken() (sasmol.utilities.Tokenizer method) getweight() (sasmol.utilities.Element method) (sasmol.utilities.ElementSequence method)

H

header() (sasmol.system.Molecule method)

I

icode() (sasmol.system.Atom method) id() (sasmol.system.Atom method) index() (sasmol.system.Atom method)

init_child() (sasmol.subset.Mask method) initialize_children() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method)

L

loc() (sasmol.system.Atom method)

M

make_backbone_pdb_from_fasta() (sasmol.topology.Topology method) make_constraint_pdb() (sasmol.topology.Topology method) Mask (class in sasmol.subset) mass() (sasmol.system.Atom method) mass_check() (sasmol.operate.Move method) matrix_multiply() (in module sasmol.linear_algebra) maximum() (sasmol.system.Molecule method) merge_two_molecules() (sasmol.subset.Mask method) minimum() (sasmol.system.Molecule method) module sasmol.calculate sasmol.charmm_topology sasmol.dcd_io sasmol.file_io sasmol.linear_algebra sasmol.multiprocessing_sasmol sasmol.operate sasmol.pdb_io sasmol.properties sasmol.subset sasmol.system sasmol.topology sasmol.utilities sasmol.view

Molecule (class in sasmol.system) Molecule_Maker (class in sasmol.system) moltype() (sasmol.system.Atom method) moltypes() (sasmol.system.Molecule method) Move (class in sasmol.operate) Multiprocessing_SasMol (class in sasmol.multiprocessing_sasmol)

N

name() (sasmol.system.Atom method) names() (sasmol.system.Molecule method) names_mask() (sasmol.system.Molecule method) natoms() (sasmol.system.Atom method) nucleotide_scattering_lengths() (sasmol.properties.Atomic method) nucleotide_sl() (sasmol.properties.Atomic method) number_of_atoms() (sasmol.system.Atom method) number_of_betas() (sasmol.system.Molecule method)

number_of_chains() (sasmol.system.Molecule method) number_of_elements() (sasmol.system.Molecule method) number_of_frames() (sasmol.system.Atom method) number_of_moltypes() (sasmol.system.Molecule method) number_of_names() (sasmol.system.Molecule method) number_of_occupancies() (sasmol.system.Molecule method) number_of_resids() (sasmol.system.Molecule method) number_of_resnames() (sasmol.system.Molecule method) number_of_segnames() (sasmol.system.Molecule method)

O

occupancies() (sasmol.system.Molecule method) occupancies_mask() (sasmol.system.Molecule method) occupancy() (sasmol.system.Atom method) one_letter_resname() (sasmol.system.Molecule method) one_to_three_letter_nucleic_residue_dictionary (sasmol.properties.Atomic attribute) one_to_three_letter_protein_residue_dictionary (sasmol.properties.Atomic attribute)

open_dcd_read() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) open_dcd_write() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) open_file() (sasmol.file_io.Files method) original_index() (sasmol.system.Atom method) original_resid() (sasmol.system.Atom method)

P

parse() (in module sasmol.utilities) parse_fasta() (in module sasmol.utilities) parse_sequence() (in module sasmol.utilities) patch_charmm_residue_atoms() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method)

PDB (class in sasmol.pdb_io) pmi() (sasmol.system.Molecule method) print_error() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) protein_scattering_lengths() (sasmol.properties.Atomic method) protein_sl() (sasmol.properties.Atomic method)

R

read_charmm_topology() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method) read_dcd() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) read_dcd_step() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) read_pdb() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method) read_single_dcd_step() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) record() (sasmol.system.Atom method) renumber() (sasmol.topology.Topology method) rescode() (sasmol.system.Atom method) resid() (sasmol.system.Atom method)

resids() (sasmol.system.Molecule method) resids_mask() (sasmol.system.Molecule method) residue_charge() (sasmol.system.Molecule method) residue_flag() (sasmol.system.Molecule method) (sasmol.system.Molecule_Maker method) resname() (sasmol.system.Atom method) resnames() (sasmol.system.Molecule method) resnames_mask() (sasmol.system.Molecule method) rg() (sasmol.system.Molecule method) rna_scattering_lengths() (sasmol.properties.Atomic method) rna_sl() (sasmol.properties.Atomic method) rotate() (sasmol.operate.Move method) rotate_euler() (sasmol.operate.Move method) rotate_general_axis() (sasmol.operate.Move method)

S

sasmol.calculate module sasmol.charmm_topology module sasmol.dcd_io module sasmol.file_io module sasmol.linear_algebra module sasmol.multiprocessing_sasmol module sasmol.operate module sasmol.pdb_io module sasmol.properties module sasmol.subset module sasmol.system module sasmol.topology module sasmol.utilities module sasmol.view module segname() (sasmol.system.Atom method) segnames() (sasmol.system.Molecule method) segnames_mask() (sasmol.system.Molecule method) send_coordinates_to_vmd() (sasmol.view.View method) set_average_vdw() (in module sasmol.operate) (sasmol.system.Molecule method) set_coor_using_mask() (sasmol.subset.Mask method) set_count() (sasmol.utilities.ElementSequence method) set_descriptor_using_mask() (sasmol.subset.Mask method) setAltloc() (sasmol.system.Atom method) setAtom() (sasmol.system.Atom method) setAtom_charge() (sasmol.system.Atom method) setAtom_vdw() (sasmol.system.Atom method) setBeta() (sasmol.system.Atom method) setBetas() (sasmol.system.Molecule method) setBetas_mask() (sasmol.system.Molecule method) setCenter_of_mass() (sasmol.system.Molecule method) setChain() (sasmol.system.Atom method) setChains() (sasmol.system.Molecule method) setChains_mask() (sasmol.system.Molecule method) setCharge() (sasmol.system.Atom method) setCharmm_type() (sasmol.system.Molecule method) setConect() (sasmol.system.Molecule method) setCoor() (sasmol.system.Atom method) setElement() (sasmol.system.Atom method) setElements() (sasmol.system.Molecule method) setElements_mask() (sasmol.system.Molecule method) setFasta() (sasmol.system.Molecule method)

setFilename() (sasmol.system.Atom method) setFormula() (sasmol.system.Atom method) setHeader() (sasmol.system.Molecule method) setIcode() (sasmol.system.Atom method) setId() (sasmol.system.Atom method) setIndex() (sasmol.system.Atom method) setLoc() (sasmol.system.Atom method) setMass() (sasmol.system.Atom method) setMaximum() (sasmol.system.Molecule method) setMinimum() (sasmol.system.Molecule method) setMoltype() (sasmol.system.Atom method) setMoltypes() (sasmol.system.Molecule method) setName() (sasmol.system.Atom method) setNames() (sasmol.system.Molecule method) setNames_mask() (sasmol.system.Molecule method) setNatoms() (sasmol.system.Atom method) setNumber_of_atoms() (sasmol.system.Atom method) setNumber_of_betas() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_chains() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_elements() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_frames() (sasmol.system.Atom method) setNumber_of_moltypes() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_names() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_occupancies() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_resids() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_resnames() (sasmol.system.Molecule method) setNumber_of_segnames() (sasmol.system.Molecule method) setOccupancies() (sasmol.system.Molecule method) setOccupancies_mask() (sasmol.system.Molecule method) setOccupancy() (sasmol.system.Atom method) setOne_letter_resname() (sasmol.system.Molecule method) setOriginal_index() (sasmol.system.Atom method) setOriginal_resid() (sasmol.system.Atom method) setPmi() (sasmol.system.Molecule method) setRecord() (sasmol.system.Atom method) setRescode() (sasmol.system.Atom method) setResid() (sasmol.system.Atom method) setResids() (sasmol.system.Molecule method) setResids_mask() (sasmol.system.Molecule method) setResidue_charge() (sasmol.system.Molecule method) setResidue_flag() (sasmol.system.Molecule method) setResname() (sasmol.system.Atom method) setResnames() (sasmol.system.Molecule method) setResnames_mask() (sasmol.system.Molecule method) setRg() (sasmol.system.Molecule method) setSegname() (sasmol.system.Atom method) setSegnames() (sasmol.system.Molecule method) setSegnames_mask() (sasmol.system.Molecule method) setTotal_mass() (sasmol.system.Atom method) setUnitcell() (sasmol.system.Molecule method) setup_charmm_residue_atoms() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method) setup_cys_patch_atoms_simple() (sasmol.charmm_topology.CharmmTopology method) (sasmol.topology.Topology method) signed_angle() (in module sasmol.linear_algebra) submit_jobs() (sasmol.multiprocessing_sasmol.Multiprocessing_SasMol method) System (class in sasmol.system)

T

Tokenizer (class in sasmol.utilities) Topology (class in sasmol.topology)

total_mass() (sasmol.system.Atom method) translate() (sasmol.operate.Move method)

U

unitcell() (sasmol.system.Molecule method)

V

validate_integrity() (sasmol.system.Atom method) van_der_Waals_radii() (sasmol.properties.Atomic method) van_der_waals_radii() (sasmol.properties.Atomic method)

vec_scale() (in module sasmol.linear_algebra) vec_sub() (in module sasmol.linear_algebra) View (class in sasmol.view)

W

write_dcd() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) write_dcd_frames() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) write_dcd_header() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method)

write_dcd_step() (sasmol.dcd_io.DCD method) (sasmol.file_io.Files method) write_pdb() (sasmol.file_io.Files method) (sasmol.pdb_io.PDB method)